Thời nhà Nguyễn, cách cụm tháp này khoảng 3 km về phía Bắc có dịch trạm (trạm thông tin liên lạc) tên là Thuận Lai. Trước năm 1988, phủ Ninh Thuận thuộc tỉnh Bình Thuận, các dịch trạm trên đất Bình Thuận đều có tiền tố "Thuận". Năm 1888, phủ Ninh Thuận chuyển về thuộc vào tỉnh Khánh Hòa, dịch trạm Thuận Lai đổi thành Hòa Lai, cùng tiền tố "Hòa" như các dịch trạm của Khánh Hòa. Vào thập kỷ cuối của thế kỷ 19, các nhà khảo cổ đã lấy địa danh dịch trạm Hòa Lai đặt tên cho cụm di tích Ba Tháp. Năm 1901, phủ Ninh Thuận trở thành tỉnh Ninh Thuận, dịch trạm Hòa Lai được đổi thành dịch trạm Ninh Lai nhưng tên gọi tháp Hòa Lai vẫn giữ đến ngày nay.[2]